南京中医药大学翰林学院基础医学实验中心是院级专业基础课实验教学中心之一，包括基础医学楼、解剖楼。面向医学院、药学院等2个二级学院的8个专业，开设本科学生的医学基础实验课程，承担本科学生的10门医学基础实验课程教学工作。基础医学实验中心人员由实验教师和实验技术人员组成，共有各类教师11人，其中教授1人，副教授3人，讲师2人，助教4人，其他实验技术人员2人。中心现共有实验教学用房1635平方米，包括5个实验教学科研实验室，即人体解剖学与形态学、生理学与病理生理学、生物化学、微生物与免疫学、分子医学。除人体解剖学实验室位于解剖馆，其余4个实验室均位于基础医学实验楼2楼和3楼。目前中心拥有各类实验仪器设备158台件、固定资产总价值210多万元。

我院基础医学具有重视实验教学改革的优良传统，在国内应用性中医药院校中率先进行医学基础实验教学改革。在资源共享理念的指导下，打破原二级学科间的界限，进行基础医学教学的改革，对原基础医学实验教学课程进行整合，以人体机能学实验课程改革为突破口，将二门人体机能学科（生理学和病理生理学）的实验室有机整合，组建基础医学实验教学综合实验室。2014年正式成立南京中医药大学翰林学院基础医学实验中心,成为南京中医药大学翰林学院院系二级管理的实验中心，按着学院内涵建设制定实验中心的标准进行规划建设。

中心秉承传统，与时俱进，坚持“以实验教学改革带动和促进实验室建设”的理念，构建有特色的基础医学实验教学课程体系。近三年来，基础医学实验教学中心先后承担学校资助的教学研究项目5项，获得经费2万元，在各类教学和专业期刊杂志上发表教学改革和管理论文6篇，中心教师指导大学生获得江苏省大学生创新研究项目资助4项，教师主持省级科研课题2项，厅局级4项。在SCI收录期刊上发表科研论著20余篇。近三年获得江苏省教育科研研究成果三等奖、泰州市科技进步一等奖、江苏省医学新技术二等奖等5次。